在谈论电子邮件营销的各种优点时，经常容易忽略其缺点和潜在问题，其实在一些情况下，Email营销的缺点也很明显，因此电子邮件营销往往只是营销策略组合中的一种，通常还需要与其他营销手段相配合，这也是电子邮件营销有时为部分企业所忽视的原因之一。在《Email营销》（http://www.emailmarketing.com.cn） 一书中，将Email营销的特点归纳为8项优点和12项缺点。Email营销的主要缺陷和问题如下：
（1）应用条件限制。由于接收条件的局限，电子邮件需要一定的上网设备才可以接收和阅读，不像传统信函那样可以随时随地的查看。
（2）市场环境不成熟：由于国内上网人数的比例还比较低，Email营销的受众面还比较小，影响力有限，当企业制订营销计划时，通常不会将Email营销作为唯一的或者主要营销手段。
（3）邮件传输限制：由于受到网络传输速度、用户电子邮箱空间容量等因素的限制，并不是什么信息都可以通过Email来传递，这就在一定程度上限制了Email营销的应用范围。
（4）营销效果的限制：Email营销的效果受到信息可信性、广告内容、风格、邮件格式等多种因素的影响，并非所有的电子邮件都能取得很好的营销效果。特别是对于定位程度比较低的情形，营销效果将远远低于正常水平，而对于未经许可的“Email营销”，不仅招人讨厌，可能根本不会取得实际效果。
（5）信息传递障碍：因为出于过滤垃圾邮件等原因，一些邮件会遭到ISP的屏蔽，用户邮件地址经常更换也会造成信息无法有效送达，退信率上升。信息传递障碍已经成为影响Email营销发展的主要因素之一。
（6）掌握用户信息有限：在很多情况下，用户在网上登记的资料往往不完整或不真实，通常只有一个邮件地址，当用户电子邮箱变更，或者兴趣发生转移，原有的资料可能就已经失效了，除非用户主动更换邮件地址，否则很难跟踪这种变化。如果可以掌握更多用户信息，如包含了公司/用户名称、地址、行业和产品等，可以大大提高营销效果。
（7）垃圾邮件的影响：由于垃圾邮件泛滥，有价值的信息往往被大量无用信息淹没，也很容易造成有价值信息的丢失，垃圾邮件也影响用户对于电子邮件信息的可信度。
（8）专业化程度低：由于缺乏专业的网络营销人员，并且由于专业Email营销服务商的经营水平等方面的限制，Email营销的效力实际上要大打折扣，有时甚至效果并不明显。
（9）价格优势是相对的：Email营销价格低廉是在发送数量比较大的条件下才可以充分表现出来，如果发送邮件数量比较少，其价格优势也就不很明显了，因为无论发送多少封邮件，都要经历邮件内容设计制作发送、跟踪、控制等流程，发送数量越多，每封邮件的边际成本也越低，这种情形在企业利用内部列表自行开展Email营销时更为明显，维护一份邮件列表的内容，无论发行数量为1000还是10000，所投入的资源基本上都是一样的。
（10）邮件阅读率降低：接收者的兴趣在不断变化，而用户注册资料之后很难及时更新，当他对原来订阅的信息不再感兴趣时，即使不退订，也不会去认真阅读。
（11）电子邮件的寿命通常比比其他出版物要短很多，除非邮件有足够的价值让用户一直保存下来，尤其对于WEB方式阅读邮件的用户，邮箱空间的限制，不可能保存大量邮件，对于终端软件接收到本地硬盘的邮件，同样会因为磁盘空间清理、格式化硬盘，或者更换电脑等原因而丢失以前的电子邮件。
（12）Email营销的回应率逐年在降低：如同其他网络广告形式一样，Email广告的点击率也不断降低，这将从整体上影响Email营销的效果。根据专业网络广告公司DoubleClick的调查结果，2002年第二季度Email营销的平均点击率已经从2001年同期的6.8%下降到4.9%。尽管如此，这个回应率仍然高于其他网络广告形式。造成这种状况的原因是多方面的，并且可能会保持持续下降趋势，因此，对Email营销抱有过高的期望是不现实的，也正因为如此，才有必要深入研究Email营销的规律。